Приложения для ВКонтакте бывают двух типов - Flash и Iframe
Flash - В качестве оболочки для обмена данными используется объект Flash. Вы можете загрузить любое приложение в формате .SWF размером не более 807x730 точек. Если используется Flash-контейнер, то размер приложения ограничен 807x4050 точками. Также можно отключить поля и элементы управления приложением, тогда размер приложения может быть увеличен до 827x4050 точек.
IFrame - Внутри страницы приложения открывается IFrame, содержащий страницу, расположенную на стороннем сервере, в таком случае приложение может использовать любые технологии, поддерживаемые браузером, и обмениваться данными с ВКонтакте используя JavaScript. Вы можете менять размер приложения как в Настройках, так и динамически через JS API.
Более подробная информация